Olá!
Você que deseja alocar mais de um domínio e cada um com uma conta de FTP separada, poderá fazer esse processo através do recurso Domínio Suplementar da sua de hospedagem cPanel.
Inicie o processo entrando no seu Painel de Controle:
Logo após, na área Domínios clique em Domínios Suplementares:
Na próxima página preencha os campos da seguinte maneira:
Novo nome de Domínio: Será o domínio que irá adicionar. Ex.: site2.com
Subdomínio/Nome de usuário FTP: Será o nome de usuário FTP para esse novo domínio (Será automaticamente preenchido, mas poderá ser alterado)
Raiz do documento: É o caminho da pasta para esse novo domínio. (também será preenchido automaticamente, será nesta pasta onde ficará seu outro site)
Senha: Senha para o usuário FTP deste domínio.
Repita a senha e depois clique em Adicionar domínio.
Ao final irá aparecer a tela de confirmação semelhante:
Pronto, sua conta foi criada!
Até a próxima!